在日本土木工学是一门综合性很强的学科。总体上来说，它是以古典力学的若干重要课题为骨架，凸显出这些基础理论在社会基盘建设、防灾减灾以及城市规划中的应用的工学系学科。其中又以结构力学、材料力学、流体力学以及土质力学的应用最为广泛，这些知识在土木学科的学习研究中也占有着相当大的比例。
日本土木工程主要研究方向
1、结构力学：在日本，土木学科的结构力学主要被用于研究桥梁、隧道、公路等市政工程项目之中。高强度桥梁设计、大深度地下设施的建设、长距离铁道以及高速公路的开发、免震耐震结构的研究等领域是日本土木界近世代主要的研究方向。同时在这些方面日本在世界上也处于领先地位。
2、材料力学：钢材和混凝土材料是土木工程中应用最广的，而材料力学则被运用于解析在外力的作用下钢材以及混凝土的形变特点以及强度特性。新型高强度轻质钢的研制、抗冻性能卓越的混凝土材料的开发等领域都离不开材料力学。
3、流体力学：流体力学是土木工学中的河川工学以及海岸工学的基础。当今的日本致力于近岸区域的防灾和环境保护工作，在河川泛滥的防治以及水资源管理上也是处于世界领先水平的。流体力学为研究河川和海洋提供了重要的理论基础，而其强烈的数理背景也使其成为土木学科中最具理科特点的分野。
4、土质力学：土质力学是研究地质灾害的基础手法之一，也是土木学科最具最具学科特点的科目之一。与地震灾害相关的土壤液化现象、豪雨时山体和斜面的安定性等方面都是有土质力学参与的重要防灾课题。近些年来日本还在积极进行关于药液注入对土壤强度的影响的研究。
日本的土木工学分以下构造材料系、水工系、地盘系（岩土工程）、防灾等。
构造材料系：比较类似于国内的结构工程和土木工程材料，是土木工程研究的基础方向，教授比较多，重点在钢筋、混凝土、材料和耐久性的研究、以及用计算机来进行材料的性能评价等。
水工系：在国内叫做水利工程，主要是为了控制、利用和保护地表及地下的水资源和环境而修建的各项工程，与桥梁、水坝、河道、运河及防洪堤等设计与施工等有着密切的关联，这部分申请的学生并不是特别多。除东大之外，北海道大学做的也比较有特色。
地盘系：又叫岩土工程，研究主要集中在、土质力学、地基工学、地基防灾工学等，九州大学有专门的地基学讲座，东工大也有很多教授在做重点在土质上。
防灾工学：它的核心在研究工程机构抗震、结构防风工程、结构抗火工程和抗爆工程，由于日本是个地震多发的国家，所以研究重点更在结构抗震上，东北大学有专门的地震地域灾害制御工学领域还有灾害科学国际研究所。
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