横滨市立大学附属机构包括有木原生物学研究所、大学医院、图书馆、学术信息中心、医学信息中心。学校在研究方面采用了21世纪COE教学大纲，医学系以细胞急性系统研究为基础所进行的未来医疗创成研究，入选了日本教育部资金扶持计划。横滨市立大学是日本一所小规模精英大学，以招生数量少、入学严格著称，历届毕业生在日本各界均得到了极高的评价。同时也是COE计划、世界港口城市大学联盟等著名组织的成员。

横滨市立大学学校排名

2022QS世界大学排名横滨市立大学排名第487位；

2022泰晤士高等教育世界大学排名横滨市立大学排名第401-500位

2021QS世界大学排名横滨市立大学排名第465位，全日本第15位。

2022泰晤士高等教育世界大学排名横滨市立大学排名第601-800位。

2020QS世界大学排名，横滨市立大学居世界第465位，日本第15位。也是此榜单中唯一进入世界500强的日本公立大学。

2020泰晤士高等教育世界大学排名中横滨市立大学居第501-600位。日本第15位。