东京农工大学专业，东京农工大学现在设有2所本科学院，6所研究生院。

本科学院
东京农工大学本科设有两所学院，分别是农学部和工学部。
农学部由5个学科组成，分别是生物生产学科、应用生物学科、环境资源学科、地球生态系统学科和兽医学科。农学部要求学生通过对农业、生物和生态科学的学习，了解农学、生命科学、环境科学和兽医学等领域的问题，为营造可持续发展的社会做出贡献。
工学部由8个学科组成，分别是生命工程学科、应用分子化学科、有机材料化学科、系统化学工学科、系统机械学工学科、系统物理工学科、电器电子工学科和信息工学科。工学部教授工程领域的知识和技术，培养学生分析和解决问题的能力，使其具有良好科学素质和专业工学知识。

研究生院
6所研究生院分别是：工学府、农学府、生物体系应用科学府、联合农学研究科、技术经营研究科和岐阜大学研究生院联合兽医学研究科。
工学府开设了硕士课程和博士课程，目的是培养具有卓越能力的工学领域技术人员和研究人员。工学是东京农工大学的优势学科，与企业和其他机构的合作研究项目数量众多，在报纸媒体实施的科研能力调查排行榜中经常位列日本的国立大学前茅。
农学府开设了2年制硕士课程，对日趋严重的全球性粮食、资源问题、环境与公害问题和人口问题进行研究，让学生具有自主的教育研究能力。