东京农工大学是一所小规模的单科大学，设有农学和工学两个院系，教员仅三百余人（2021年数据）。东京农工大学还是最早接受中国公费留学生的日本大学，该校于光绪三十年为近代中国培养出第一个公费留日学生。东京农工大学仅设有11个本科专业，每年仅招收数百新生。根据2021QS排名，在象征学术能力的citations per faculty指标，东京农工大学位列日本第三，仅次于东京大学和东京工业大学，排名世界第225。

一、学部生
检定费：17,000日元
入学金：282,000日元
授课费：535,800日元/年
3年次编入生检定费30,000日元。
二、大学院生(不包括工学府产业技术专攻)
检定费：30,000日元
入学金：282,000日元
授课费：535,800日元/年
三、大学院生(工学府产业技术专攻)
检定费：30,000日元
入学金：282,000日元
授课费：572,400日元/年
四、研究生
检定费：9,800日元
入学金：84,600日元
授课费：29,700日元/月
本校毕业者免除入学金，授课费为14,800日元/月。

五、科目等履修生
检定费：9,800日元
入学金：282,00日元
授课费：14,800日元/学分
本校毕业者免除入学金，授课费为7,400日元/学分。