日本一共有接近800所大学，通常氛围：“国公立”和“私立”大学，国公立实际上也是两类大学：“国立”和“公立”。

1.国立大学
日本国家全额出资的高等教育机构日本国立大学，是指日本国家政府直接设置的大学，由国家全额出资建立。2004年4月1日开始，所有日本国立大学根据《国公立大学法》成立独立的日本国立大学法人。日本有国立大学86所。校长由国家任命。在对待留学生的待遇上也是最优惠的，奖学金的偏向，学费减免或者补助30%，根据成绩的优异甚至达到50%，医疗保险可以报销80%，一周可以有28小时的打工时间。在教学上，注重研究性，深入的钻研科研。
代表学校：最负盛名的就是七所“旧帝大”
专业设置倾向：国立大学的专业设置比较倾向于研究性，以科研成果为宗旨来开设专业。

2.公立大学
日本地方政府资助创立维持的高等院校，现在随着日本教育体制的改革，公立大学目前也都以法人化的形式存在。公立大学较之于国立大学的总体研究水平来说，略微处于下风，但其专业设置也较倾向为学术性。日本有公立大学94所。类似于中国每个省出资建立的学校，省立大学。在财政支持上比不上国立大学，但是比私立大学便宜很多，由地方政府管理，国家不予干涉。学制设置与国立大学一样，都设有大学院（研究生院），开设硕士、博士课程。对于留学生的优惠跟国立大学也差不多。
代表学校：首都大学东京、大阪市立大学、横滨市立大学、名古屋市立大学
专业设置倾向：公立大学较之于国立大学的总体研究水平来说，略微处于下风，但其专业设置也较倾向为学术性。